पौराणिक कथा अनुसार, भगवानहरूले कहिलेकाहीं आफ्नो ब्रह्मांडीय कार्यबाट अवकाश लिन र पृथ्वीको आनन्द लिन पशु, पक्षी वा पुरुषको भेष लिनुहुन्छ। यस्तै एक अवसरमा भगवान शिव र पार्वतीले मृगको रुपमा पृथ्वीको भ्रमण गरेका थिए । उनीहरु नेपालको वनक्षेत्रमा पुगेर भूमिको सौन्दर्यले मंत्रमुग्ध भए । बागमती नदीको छेउमा पुगेपछि उनीहरूले त्यहाँ अनन्तसम्म बस्ने निधो गरे । जब अन्य देवता र सन्तहरूले दम्पतीलाई आफ्नो ब्रह्माण्डीय कार्यमा फर्काउने निर्णय गरे, भगवान शिवले प्रस्ताव अस्वीकार गरे। अरू कुनै विकल्प बिना, भगवानहरूले तिनीहरूलाई फिर्ता ल्याउन बल प्रयोग गर्ने निर्णय गरे। यस विशाल लडाईमा, भगवान शिवले मृगको भेषमा आफ्नो एउटा सिङ्ग गुमाए। पशुपतिनाथमा नेपालको पहिलो लिङ्गका रूपमा यो सिङ्गको पुजा गरिन्थ्यो । यो लिङ्गलाई पृथ्वी माताले पुनः प्राप्त गरेको भनिन्छ र धेरै शताब्दीयौंसम्म हराएको थियो, जबसम्म एक दिन, कामधेनु, गाईको रूपमा देवता पृथ्वीमा आएर आफ्नो दूधले यस क्षेत्रको वरिपरिको माटोलाई सिंचाई र लिङ्गलाई पुन: प्राप्त गरे। गाउँलेहरूले लिङ्गम फिर्ता लिए र काठको मन्दिर बनाए। उक्त मन्दिर इस्वी संवत् ४०० देखि रहेको बताइएको छ । मन्दिर भित्र फेला परेको शिलालेखका अनुसार काठको मन्दिर ८०० ईस्वीमा फस्टाउँदै गएको थियो र सुपुसपा देव राजाले मन्दिरको पाँच तला फेरि काठ प्रयोग गरी निर्माण गरेका थिए। मन्दिर 5 औं शताब्दीमा पुनर्निर्माण गरिएको थियो। १३ औं शताब्दीमा अनन्त मल्ल राजाले मन्दिरमा कलात्मक विवरणहरू थपेका थिए। पछि, समय र दीमक द्वारा नष्ट भयो। 17 औं शताब्दीमा, वर्तमान संरचना मुख्य मन्दिर संग 492 मन्दिरहरु संग पुनर्निर्माण गरिएको थियो
